A la hora de diseñar una base de datos hay que tener en cuenta, entre otras muchas cosas, el número de consultas que se van a realizar y el número de datos que se van a modificar / insertar.
Si se van a realizar un gran número de consultas (SELECT) es mejor usar una base de datos con motor MyISAM en cambio si lo que se va a hacer es un gran número de operaciones con la tabla (INSERTS y/o UPDATES) es mejor usar una base de datos con motor InnoDB.