En php hay varias maneras de ejecutar un comando, ya sea en linux o en windows como la función shell_exec o exec. Pero hay una manera bastante sencilla, aunque a mi no me gusta que es usando operador de ejecución en php que consiste en escribir entre comillas invertidas, es decir, `comando`, (no confundir con las comillas simples normales). El resultado que produce es igual al que la ejecución de comandos usando shell_exec.
//ejemplo de ejecución
$output = `ls -al`;
echo $output;
A mi personalmente no me gusta porque puede llevar a confusiones, ya que parece que es un echo normal.