La función count de php de vuelve el número de elementos de un array. Y para saber cuantos elementos tiene un array multidimensional hay que usar el parámetro COUNT_RECURSIVE. Voy a poner un ejemplo sencillo para que se vea bien:
$ciudades = array('España' => array('Madrid', 'Barcelona', 'Valencia'),
'Francia' => array('París', 'Marsella', 'Perpignan'));
// Cuenta recursiva
echo count($ciudades , COUNT_RECURSIVE); // muestra 8
// Cuenta normal
echo count($ciudades ); // muestra 2
La verdad no sabía que se podía hacer ésto y creo que resulta útil.