Cuando se quiere usar las dos librerías en un mismo proyecto web se produce un problema al querer usar $(...) para los elementos HTML que se quieren tratar con DHTML.
Para evitar conflictos entre las dos librerías JQuery dispone de la opción noConflict que nos permite definir como obtener los elementos HTML que necesitamos.
Ejemplo:
//Dentro del código de javascript
jQuery.noConflict();
De esta manera podremos seguir usando $(...) con prototype y usar jQuery(...) con JQuery. Es así de fácil.