En php hay varias maneras de ejecutar un comando, ya sea en linux o en windows como la función shell_exec o exec. Pero hay una manera bastante sencilla, aunque a mi no me gusta que es el usando operador de ejecución en php que consiste en escribir entre , es decir, `comando`, (no confundir con las comillas simples normales). El resultado que produce es igual al que la ejecución de comandos usando shell_exec.

//ejemplo de ejecución
$output = `ls -al`;
echo "
$output
";