Para mostrar los procesos en ejecución en mysql y así saber que procesos hay en ejecución y que usuario lo está ejecutando hay que hacer es lanzar el comando show processlist; donde nos indicará el id del proceso, el usuario que lo ejecuta, la base de datos, el estado y el tipo de proceso como puede ser una query o un procedimiento almacenado, etc ...
En caso de haber un proceso que esté ralentizando la base de datos y eso hiciese que la aplicación fuese mal habría que lanzar el comando kill id_proceso "matando al proceso".